Di sak na pou di

Sur quoi se base notre politique vis-à-vis du SARS-Cov-2

Bruno Bourgeon / 16 septembre 2020

Sur rien. Une revue de la littérature et méta-analyse brésilienne a fait le point sur la sensibilité et la spécificité diagnostiques des tests cliniques, RT-PCR et immunologiques. Chez les patients qui présentent des signes cliniques compatibles avec la COVID-19, les tests de RT-PCR, capables de détecter la présence de l’ARN du SARS-CoV2 et réalisés à partir de prélèvements rhinopharyngés ou bronchiques, constituent le « gold standard » pour confirmer le diagnostic en raison de la facilité de mise en œuvre et la rapidité de leurs résultats. Cette technique génère parfois des faux négatifs, surtout au cours des 7 premiers jours après la contagion.

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Les tests sérologiques recherchent la présence d’anticorps (IgM ou IgG) dans le plasma des patients et sont plutôt utilisés a posteriori (les anticorps ne sont détectables que 1 à 3 semaines après la survenue des symptômes) pour évaluer la proportion de personnes ayant été infectées au sein d’une population : intérêt épidémiologique. Aucun intérêt clinique.

Au total, 16 études ont été retenues par la revue de la littérature, représentant 2297 patients, la plupart faisant appel à des cohortes observationnelles chinoises, et 6 seulement disposaient d’un groupe contrôle. Quatorze études ont pu être prises en compte dans la méta-analyse.
Celle-ci a ainsi montré que le scanner thoracique avait la plus forte sensibilité (91,9%), mais une faible spécificité (25,1%) (6 essais, forte hétérogénéité).
Les sérologies ont été évaluées par 5 essais sur différents types d’échantillons (prélèvement de sang total, sang capillaire, sérum, ou plasma). Dans tous les cas, la recherche combinée d’anticorps IgM et IgG est apparue comme sensible et spécifique, atteignant 84,5% et 91,6%.

Les tests PCR ont quant à eux été évalués par 7 études (2 seulement disposaient d’un groupe contrôle). La sensibilité variait selon le type de prélèvement. Ceux réalisés à partir de salive, d’expectorations, naso-pharyngés ou prélevés dans la gorge étaient les plus sensibles pour détecter la présence du virus (vs selles, urine ou plasma), avec une sensibilité allant respectivement de 62,3% pour la salive à 97,2% pour les expectorations. La spécificité, à partir des deux études contrôlées était élevée, allant de 90,0% à 100% selon le type de prélèvement.

Les résultats sont cependant à prendre avec réserves, devant les sous-effectifs et les limites de méthodologie, ainsi que le caractère rétrospectif des études présentées.

Mais que signifient toutes ces dénominations ?

La sensibilité d’un test est sa capacité à donner un résultat positif lorsqu’une hypothèse est vérifiée ; la spécificité est la capacité à donner un résultat négatif lorsque l’hypothèse n’est pas vérifiée. Ces deux paramètres ne sauraient être pris isolément, et servent à calculer, avec la prévalence, les deux seules valeurs finalement intéressantes en pratique médicale courante : les valeurs prédictives. La valeur prédictive positive (VPP) est la probabilité que la maladie soit présente lorsque le test est positif ; la valeur prédictive négative (VPN) est la probabilité que la maladie soit absente lorsque le test est négatif.

Or ces valeurs sont corrélées à la prévalence de la maladie : comme celle-ci est faible, la VPN est très élevée : du coup, les tests RT-PCR ne sont que des tests de dépistage. Inversement, en présence de symptômes, vous élevez la fréquence de la maladie dans cette population, et la VPP s’en trouve grandie : le test devient alors très intéressant en médecine diagnostique.

Mais ce n’est pas tout : PCR veut dire Polymerase Chain Reaction, les automates (machines de laboratoire) sont des thermocycleurs : plus le nombre de cycles est élevé, plus l’ARN viral est rare ; un test qualitatif positif n’est pas suffisant pour dire la contagiosité ou même la maladie. On devrait dévoiler le côté quantitatif du test. Voilà pourquoi être positif ne veut pas dire être malade, ni être contagieux, surtout en l’absence de symptômes. Et c’est bien pourtant là-dessus que nos politiques de santé se sont basées. Incompétence, incompétence, tout n’est qu’incompétence… Les tests se retournent contre vous, messieurs (dames) les décideur(se)s !

Dr Bruno Bourgeon, porte-parole d’AID

D’après Actu Univadis : https://www.univadis.fr/viewarticle/covid-19-sensibilite-et-specificite-des-tests-diagnostiques-728598