Le projet de loi, dont la discussion en première lecture par l’Assemblée remonte à mars 2005, comporte 100 articles. Il vise, outre la mise en conformité avec la directive européenne de 2000, à mettre en oeuvre le principe pollueur-payeur, inscrit dans la Charte de l’Environnement adossée depuis 2005 à la Constitution.
Les députés ont adopté les dispositions de renforcement et de simplification des pouvoirs de la police de l’eau et sanctionnant les ouvrages hydroélectriques exploités sans titre de concession. Ils ont voté l’article punissant de 20.000 euros d’amende la destruction sans autorisation des frayères et des zones de croissance et d’alimentation de la faune piscicole, et ont rétabli un article supprimé par le Sénat instaurant l’information des fédérations de pêche des travaux ou ouvrages susceptibles d’affecter la faune piscicole.
L’Assemblée a adopté une disposition permettant aux maires d’exécuter d’office les opérations d’entretien des cours d’eau aux frais des propriétaires en cas de défaillance.
Un dispositif stipulant que les communes devront avoir fait contrôler toutes les fosses septiques d’ici fin 2012 pour vérifier qu’elles ne sont pas polluantes a également été adopté.
Le texte renforce ainsi les compétences des communes en matière d’assainissement non collectif (non raccordé aux égouts). Le propriétaire d’une fosse septique doit assurer son entretien régulier et en cas de non-conformité à l’issue du contrôle, il devra procéder aux travaux prescrits dans un délai de quatre ans. Une sanction pénale de 10.000 euros d’amende est créée en cas de déversement d’eaux usées non autorisé dans le réseau public de collecte.
Les députés ont par ailleurs suivi le Sénat en acceptant de diminuer de moitié la taxe sur les boues d’épuration, créée pour alimenter un fonds de garantie des risques liés à leur épandage. Le dispositif permet d’indemniser les agriculteurs dont les terres auraient été polluées par un épandage mal contrôlé et les sénateurs avaient décidé de plafonner la taxe à un niveau qui ne pèse pas trop sur le prix de l’eau.
Les députés ont également décidé que les péniches devront s’équiper en toilettes ou dispositifs de récupération des eaux usées. Toutes les péniches ou navires fixes devront se conformer à cette obligation à compter du 1er janvier 2010. Un dispositif semblable pour les bateaux de plaisance construits après janvier 2008 et qui devront être équipés d’un système de traitement des eaux usées, doit être adopté dans une partie ultérieure du projet de loi.
Un amendement au projet de loi sur l’eau permettant l’usage de "préparations naturelles", telle que le purin d’ortie, sans autorisation préalable de mise sur le marché a également été voté.
Les députés ont supprimé une taxe pour la collecte des eaux pluviales qui avait été instaurée par le Sénat et qui était destinée à alimenter un "fonds départemental pour l’alimentation en eau et l’assainissement". Le fonds avait pour objet de financer l’allègement de la charge de la dette des communes qui réalisent des travaux de captage et de distribution d’eau.
Le 13 décembre, l’Assemblée nationale a également supprimé un autre article du texte qui faisait obligation aux maires des communes de plus de 10.000 habitants et aux présidents des établissements publics de coopération intercommunale (EPCI) de plus de 20.000 habitants de mettre en place une "commission consultative des services publics locaux".
Ils ont en revanche rétabli contre l’avis du gouvernement un crédit d’impôt de 25 % des dépenses de réhabilitation d’installations d’assainissement non collectif effectuées entre le 1er janvier 2006 et le 31 décembre 2010.