L’intestin constitue avec la peau et les muqueuses, les principales barrières physiques contre les bactéries et les virus. Si ces barrières sont franchies, notre système immunitaire s’ébranle pour stopper l’infection et en limiter les conséquences.
Les voilà donc ces fameuses "défenses naturelles", ainsi nommées par opposition à l’utilisation d’un dispositif de protection, d’un vaccin ou d’un médicament par exemple. L’intestin est en réalité notre premier et principal système de défense contre les différentes formes d’agression auxquelles nous sommes quotidiennement exposés. Il organise pour cela trois lignes de défense distinctes : la flore intestinale, la paroi intestinale et le système immunitaire qui y est associé.

- La flore est le premier niveau de défense. À ce point, de "bonnes" bactéries de notre flore sont capables d’éliminer les pathogènes en empêchant leur développement, leur fixation sur la muqueuse ou leurs effets toxiques ;

- La paroi intestinale représente un second niveau, qui oppose une résistance purement physique à l’intrus. Protégée par une épaisse couche de mucus, elle est aussi constituée de cellules qui jouent un peu un rôle de "filtre" ;

- Dernier bastion, le système immunitaire peut réagir soit immédiatement, soit plus lentement mais de manière spécifique, grâce à la mémoire d’agressions antérieures. On dit d’ailleurs aujourd’hui de l’intestin qu’il est un organe "intelligent".
Programmée génétiquement, l’efficacité de ce système de défense est aussi modulée par notre environnement. Et notamment par l’alimentation. Ces dernières années, les effets des probiotiques sur ces 3 lignes de défense ont été un domaine de recherche très actif. Il n’est pas encore possible de tirer des conclusions définitives. Mais les études conduites à ce jour, même si elles sont encore rares, sont prometteuses. Plusieurs souches de bacilles lactiques sont capables de moduler la réponse immunitaire, accroissant la résistance des barrières physiques de l’intestin. Toutefois, ces effets semblent spécifiques à chaque souche utilisée. Tous les probiotiques ne se valent donc pas. Nous reviendrons d’ailleurs bientôt sur cette question...